จุดเด่นของอุทยานใต้ทะเลเกาะขาม นอกจากจะอุดมสมบูรณ์ไปด้วยแนวปะการังน้ำตื้นแล้ว ยังเป็นสถานที่แห่งแรกของประเทศไทย ที่ได้มีการเคลื่อนย้ายปะการังที่กำลังจะเสื่อมโทรมจากมลภาวะ บริเวณเกาะเตาหม้อมาลงไว้ที่เกาะขาม เพื่อพัฒนาและเสริมสร้างแนวปะการังในบริเวณที่เสริมโทรม และตายไปให้ดียิ่งขึ้น ซึ่งการเคลื่อนย้ายปะการังนี้ ได้ดำเนินการโดยกำลังพลกองทัพเรือ และนักดำน้ำอาสาสมัคร ทั้งนี้โดยได้รับความร่วมมือจากจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ และมหาวิทยาลัยบูรพา ซึ่งได้เริ่มดำเนินการตั้งแต่ปี 2538 เป็นต้นมา จากการติดตามประเมินผลปรากฏว่า ปะการังส่วนใหญ่ยังคงดำรงชีวิตอยู่ได้และเจริญเติบโต เพื่อสร้างแนวปะการังเสื่อมโทรมให้ฟื้นคืนสู่สภาพ ที่สมบูรณ์เหมือนเดิม โดยตลอดเวลาที่ผ่านมามี นักเรียน นิสิต นักศึกษา ประชาชนทั่วไป สนใจขอเข้าเยี่ยมชม อุทยานใต้ทะเลเกาะขามอย่างต่อเนื่อง ซึ่งทัพเรือภาคที่ 1 ได้จัดวิทยากรบรรยายให้แกคณะผู้เยี่ยมชม เพื่อเป็นการส่งเสริมความรู้ ความเข้าใจ ถึงความจำเป็นในการอนุรักษ์และพัฒนาสภาพแวดล้อมทางทะเล พื้นที่ปะการังรอบเกาะขามมีพื้นที่ปะการังทั้งสิ้น 83,000 ตารางเมตร โดยแยกเป็นประเภท ปะการังเขากวาง 50,000 ตารางเมตร ปะการังก้อน 30,000 ตารางเมตร ปะการังโต๊ะ 3,000 ตารางเมตร จากการสำรวจในเบื้องต้น มีปะการังที่ดีราว 20,000 ตารางเมตร และปะการังเสียหายประมาณ 60,000 ตารางเมตร โดยในส่วนที่เสียหายนี้ได้รับการพัฒนาและเสริมสร้างปะการังแล้วเป็นพื้นที่ 14,300 ตารางเมตร แต่อย่างไรก็ตามปะการังในส่วนที่ดีพื้นที่ 20,000 ตารางเมตร นั้นได้รับความเสียหายตายไป เป็นบางส่วน ทั้งนี้เนื่องจากสาหร่ายเซลล์เดียวซูซานเทลลี่ซึ่งอาศัยร่วมอยู่ในโครงสร้างปะการัง และเป็นผู้ผลิตออกซิเจนให้กับปะการังได้ตายไป โดยมีสาเหตุมาจากอุณหภูมิของน้ำที่ร้อนขึ้นกว่าปกติ อันเนื่องมาจากวิกฤติการณ์เอลนินโญ่ เหลือปะการังที่ไม่ได้รับผลกระทบ และยังอยู่ในสภาพที่สมบูรณ์เต็มที่ ประมาณ 4,000 ตารางเมตร และจากการสำรวจในเดือน ธันวาคม 2541 นักวิชาการจากมหาวิทยาลัยบูรพา พบว่าปะการังบางส่วนเริ่มฟื้นตัวบ้างแล้ว จึงเป็นที่น่าดีใจว่า ปะการังเหล่านี้จะได้รับการปกป้องไม่ให้ถูก ทำลายจากมนุษย์ และจะกลายคืนสู่สภาพสวยงามเหมือนเดิม แต่เมื่อปี 2553 ด้วยสภาวะอุณหภูมิของโลกที่ร้อนขึ้น ส่งผลให้ปะการังเริ่มฟื้นตัวบางส่วนแล้วนั้น รวมทั้งปะการังที่ได้ทำการอนุบาลไว้ด้วยท่อพีวี เกิดการฟอกขาวเสียชีวิตไปเกือบร้อยละ 70 ของพื้นที่ และนอกจากปรากฏการณ์ธรรมชาติที่ส่งผลกระทบกับแนวปะการังแล้ว กิจกรรมต่าง ๆ ของมนุษย์ที่กระทำในพื้นที่เกาะขาม เช่น การเดินเรือ การจอดเรือ การดำน้ำ การทิ้งขยะ สิ่งต่าง ๆ เหล่านี้ ยังส่งผลกระทบกับแนวปะการังโดยตรงอีกด้วย ซึ่งเดิมโครงการอุทยานใต้ทะเลเกาะขามได้มีการวางทุ่นสำหรับผูกเรือ ป้องกันการทอดสมอทำลายแนวปะการัง และวางทุ่นหมายเขตแนวปะการังเพื่อกำหนดช่องทางการเดินเรือ ป้องกันไม่ให้เรือแล่นเข้าไปในหมู่ปะการังน้ำตื้น รวมทั้งในอดีตได้มีการสร้างท่อรับน้ำจืด ไว้บริเวณหัวเกาะด้านทิศตะวันออก ในการส่งน้ำจืดเรือส่งน้ำจะเกยหาดด้านทิศตะวันออก แล้วส่งน้ำไปตามท่อลำเลียงเพื่อกักเก็บไว้ใช้บนเกาะ แต่ปัจจุบันทุ่นผูกเรือ ทุ่นหมายเขตแนวปะการัง รวมทั้งท่อรับน้ำจืดชำรุดเสียหายตามอายุการใช้งาน เมื่อจำเป็นต้องส่งน้ำจืด หรือแม้แต่การรับ - ส่งคนขึ้นบนเกาะ เรือต่าง ๆ ต้องนำเรือผ่านแนวปะการังเข้าทางด้านที่เป็นหาดทรายหน้าเกาะทิศเหนือ จึงทำให้แนวปะการังเสียหายไปบางส่วน และนอกเหนือจากความสวยงามของธรรมชาติใต้ท้องทะเลแล้ว เกาะขามยังมีพื้นที่ป่าชายหาดที่อุดมสมบูรณ์ ประกอบไปด้วยพันธุ์ไม้หลากหลายชนิด อาทิ จันผาที่มีอายุกว่า 100 ปี พรมตีนสูง ที่เกิดขึ้นอยู่ทั่วไปตามเส้นทางรอบ ๆ เกาะ ซึ่งเหมาะแก่การเดินศึกษาธรรมชาติของเยาวชน และประชาชนทั่วไป ที่สนใจในความหลากหลายทาง ชีววิทยาของป่าชายหาดเป็นอย่างยิ่ง